Родился в Сен-Андре-де-Кюбзаке, близ Бордо, в семье разъездного коммерсанта. Отец постоянно переезжал с места на место, и сыну пришлось учиться в разных школах. Каждое лето семья проводила в Руайане, на берегу Бискайского залива. Здесь мальчик рано научился плавать и на всю жизнь полюбил море. Постоянные переезды способствовали расширению кругозора, имели и другие положительные стороны: в Нью-Йорке он научился говорить по-английски, в Эльзасе овладел немецким языком. Стремление к перемене мест, увидеть и испытать новое - эти качества Кусто явно вынес из детства. По-видимому, они-то и привели к решению поступить в Военно-морскую академию: ее диплом давал возможность повидать мир, не расставаясь с полюбившейся морской стихией.
Ему повезло: из тысячи кандидатов он поступил в академию двадцать вторым, ему повезло вдвойне: группа, в которой он учился, первой ушла в кругосветное плавание на корабле "Жанна д'Арк". После окончания Военной академии служил на военно-морской базе в Шанхае. Перед ним открывалась многообещающая карьера флотского офицера. Но идти проторенной дорожкой значило бы изменить самому себе: Кусто распрощался с флотом и поступил в Академию морской авиации. Окончить ее ему было не суждено - попал в автомобильную аварию на горной дороге, от авиации пришлось отказаться. Понадобились годы и присущее ему упорство, чтобы парализованная в результате повреждения лучевого нерва рука начала действовать. В 1936 году поступил инструктором на крейсер "Сюфрен", приписанный к порту Тулон. Однажды, увидев в продаже водонепроницаемые очки, купил их. Надел, опустил лицо в воду - и "цивилизованный мир разом исчез", зато от раскрывшегося перед ним подводного мира захватило дух. Кусто понял, что отныне жизнь его безраздельно принадлежит подводному царству.
Он становится пионером подводного плавания. Создает кислородный аппарат замкнутого типа. Вдвоем с Ганьяном совершенствует, изобретенный капитаном Леприером акваланг, совместно со специалистами Французского центра подводных исследований конструирует "ныряющее блюдце" - компактное судно для подводных исследований. В годы Второй мировой войны Кусто был активным участником французского Сопротивления, после нее снова вернулся к любимому делу. В начале 1950-х годов приобрел и переоборудовал для исследовательских работ в море старый британский минный тральщик "Калипсо". Совершил на нем множество океанографических экспедиций в Атлантический, Индийский океаны, Красное, Черное, Аравийское моря и в Персидский залив.
Приняв предложение возглавить Океанографический музей в Монако, он переезжает туда вместе с семьей и целиком отдается океанографическим исследованиям. В шестидесятые годы Кусто осуществил обширную научную программу "Коншельф", направленную на исследование, освоение и "обживание" континентальных шельфовых зон. На подводном карнизе кораллового рифа Шаб-Руми в Красном море он установил "Морскую звезду" - металлический дом, рассчитанный на длительное проживание пяти акванавтов, и еще ниже, на глубине 15 метров, "Ракету" - кабину на два человека. Используя их в качестве базы для подводных работ, он в течение месяца проводил океанографические исследования, причем обитатели "Ракеты" спускались до глубин 110-120 метров. В ходе экспериментов были получены ценные сведения об обитателях морских глубин, но, по мнению Кусто, "самым важным было захватывающее сознание того, что море стало нашим домом".
Осенью 1965 года в Средиземном море, близ Монако, на глубине 110 метров был установлен шаровидный дом, в котором шестеро акванавтов провели двадцать три дня.
В начале 1967 года Кусто приступил к новой научной программе - исследованию жизни на разных широтах Мирового океана и взаимоотношений с ней человека. В феврале "Калипсо", оснащенная аппаратурой для подводных киносъемок, телевизионными камерами и двумя одноместными подводными лодками для погружения до 500 метров, вышла из Марселя. Исследования проводились в Красном море и западной части Индийского океана. Главным объектом исследования были акулы. О результатах экспедиции Кусто подробно рассказал в своих книгах - "Чтобы не было в море тайн" и "Калипсо" и кораллы".
Экспедиция продолжала работы в Атлантическом океане. На этот раз Кусто выступил в новой роли - одного из основателей подводной археологии. У острова Святой Елены и на Серебряной банке экспедиция обнаружила несколько затонувших кораблей.
В семидесятые годы "Калипсо" отправилась к берегам Антарктиды. Теперь главным объектом научных исследований были киты. Во время вынужденного перерыва в работе экспедиции - "Калипсо" получила повреждение, столкнувшись с айсбергом, и стала на ремонт в Пунта-Аренас в Магеллановом проливе - Кусто отснял документальный фильм о жизни вымирающих аборигенов Огненной Земли, проявив себя незаурядным этнографом и антропологом. Экспедиция была продолжена, и своеобразным отчетом о ее деятельности стал капитальный труд Кусто - "Мировой океан".
Скончавшийся в возрасте восьмидесяти семи лет, автор множества книг, статей, фильмов, теле- и радиопередач, публичных выступлений, Жак Ив Кусто остался в памяти людей не только как энергичный и неутомимый исследователь, но прежде всего как великий гуманист, страстный борец за сохранение океанской фауны, чистоту океанской среды. В преступном, безудержном ее загрязнении он справедливо видел угрозу всему человечеству и предупреждал о ней всеми доступными ему средствами. Набатным колоколом звучит его призыв беречь Мировой океан - "великий регулятор жизни всей нашей планеты".